本所前身為日據時期「台南地方法院登記所」，民國9年改稱為「台南土地整理處」。台灣光復後，於民國35年11月1日奉令抽調台南縣政府地政課、台南地方法院部分人員與台南土地整理處合併組成成立「台南縣新豐地政事務所」隸屬台南縣政府。民國44年2月1日再奉令冠以機關所在地名稱，更名為「臺南縣歸仁地政事務所」，辦理歸仁、仁德、永康、關廟、龍崎等五鄉市地政業務。期間因業務量遽增，經永康地方人士及民意代表之爭取，基於便民起見，遂於民國72年11月1日奉令撥調部份人員於臺南縣永康鄉增設成立「臺南縣永康地政事務所」轄管辦理永康區業務。自此，歸仁地政事務所確定轄管歸仁、仁德、關廟、龍崎等四區之地政業務。
嗣後民國88年間擬訂遷建計畫，覓得現址並於民國88年7月22日開工興建，以解決舊有辦公廳舍內外空間不敷使用且土地無法就地改建之問題。新辦公廳舍於民國89年8月25日竣工，後續水電工程及內部裝璜工程並於民國89年12月20日全部竣工，總工程費金額新台幣七千六百七十三萬五仟元整。(新辦公廳面積：地下室413.80坪、一樓381.23坪、二樓368.52坪、三樓336.03坪、四樓211.28坪總計1710.88坪。) 民國90年1月12日，辦公人力及業務檔案資料正式搬遷至歸仁鄉六甲村中正南路一段1203號新建辦公廳舍。
本所為推行國家土地政策，加強為民服務，特依據行政院訂頒『行政院所屬各機關加強為民服務工作實施要點』暨台灣省政府訂頒『台灣省各機關加強為民服務措施』訂定本所「為民服務執行計畫」配合年度預算規劃實施要項，執行各項土地行政業務，期能針對以往為民服務工作所發現之問題與民眾需要，改進原有措施、服務態度與方法，配合辦公室電腦化的運用，充分發揮為民服務整體效果，達到提高行政效率，創造更佳為民服務績效。
本所為落實服務民眾，於服務台設置土地登記案件填寫範例三大本，內詳載各登記類別之填寫方式，供民眾及土地登記專業代理人辦理參考，期使土地登記等各類案件書寫一致，易於審查。
服務台並免費供應各種申請書表，並備有各類案件申請須知，免費提供民眾索閱參考，讓民眾能夠自辦案件。
不定期影印相關地政法規，張貼於地政法令宣導公佈欄上，以供同仁及民眾閱覽，加強政令宣導，方便民眾及同仁了解新法令，以利地政業務推行。